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Cuando el tiempo se revuelve y la tormenta se desata en el mar, es fácil observar aves marinas como, alcas, araos, frailecillos, alcatraces y colimbos. En los últimos años es común la visita de dos o tres individuos de águila pescadora (Pandion haliaetus), que permanecen en la marismas unas semanas reponiendo fuerzas para luego seguir su viaje de migración. Más comunes y numerosos, podemos encontrar grandes concentraciones de correlimos, chorlitejos, agujas, zarapitos, cormoranes, ánades, garzas y garcetas.

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Junto a la localidad de Santoña, se alza un pequeño monte que no supera los 400 metros de altura, pero que tiene un alto valor ecológico, pues con sus 300 hectáreas es el encinar cantábrico mas importante de la Península Ibérica: el monte Buciero. En él se hayan dos faros, el del Pescador y el del Caballo, que son importantes puntos de observación de aves marinas, y unos imponentes acantilados utilizados como lugar de nidificación de aves como el cormorán moñudo, la gaviota patiamarilla y el halcón peregrino.

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Algunas de las mejores rutas para observar aves y conocer las marismas son las siguientes:

Carretera Cícero-Santoña, habitualmente conocida como la carretera de los puentes. Nada más entrar en la carretera en dirección a Santoña, encontramos a la derecha una zona inundada con abundante vegetación y árboles secos que sirven de posaderos y dormideros a las comunidades de garcetas comunes (Egretta garzetta).

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Convento de Mohedano Una de las zonas más interesantes, en la misma carretera, está nada más pasar el primer puente, justo antes del Convento de Montehano. En el dique de contención de la marea que bordea el convento -por el que podemos caminar sin problemas- encontraremos gran cantidad de aves, incluyendo las menos frecuentes entre las que visitan las marismas.

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· Otro punto interesante es el canal de Boo, al que se accede desde el polígono industrial de Santoña, donde se encuentran las conserveras. Moviéndonos por el dique de contención de la marea podemos llegar hasta el final del canal en la carretera que une Argoños con Santoña. Es un recorrido muy interesante pues a un lado tenemos el canal y al otro lado una amplia zona con abundante vegetación y carrizal.

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· Otra ruta, muy interesante si queremos estudiar la vegetación y observar aves marinas, es encaminarnos al Fuerte de San Martín, al final de paseo marítimo de Santoña, y allí tomar el camino que bordea el monte Buciero. Encontraremos abundante vegetación y espectaculares acantilados. No nos podemos ir sin hacer una visita al Faro del Caballo. Después de descender cerca de ochocientas escaleras, llegaremos a su base, donde si hay suerte podremos observar aves marinas, sobre todo en los pasos migratorios.

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